По официальным данным, мусульмане — 93 % (в основном сунниты ханафитского мазхаба, численность шиитов не превышает 1 %, они сконцентрированы в Бухарской и Самаркандской областях), православные — 4 % (доля православных неуклонно снижается, что вызвано эмиграцией русских, украинцев, белорусов и др.), остающиеся 3 % — это римские католики, корейские христиане, баптисты, лютеране, адвентисты седьмого дня, евангелические христиане и пятидесятники, свидетели Иеговы, буддисты, бахаисты, кришнаиты и атеисты[43]. В советский период религиозные организации подверглись, как и в целом по Союзу, гонениям — многие культовые здания были разрушены (например, в 1980 году в республике было лишь 89 мечетей). С конца 1980-х власть стала лучше относиться к конфессиям, сохраняя светский характер государства. Изменение государственной политики выразилось в передаче религиозным организациям (не только мусульманским) конфискованной собственности, а порой и в строительстве за государственный счет культовых зданий. Например, в конце 1980-х — начале 1990-х годов была на государственные деньги отреставрирована и передана верующим местной иранской общины мечеть Панджоб в Самарканде, бухарским евреям переданы из музея свитки Торы, немецкий культурный центр получил Ташкентскую евангелическую кирху, римско-католическому приходу вернули Польский костел и т.д.
По официальным данным на 1 июня 2010 года в Узбекистане были официально зарегистрированы 2225 религиозных организаций 16 различных религиозных конфессий:
Отмечается, что посещаемость мечетей высокая, особенно среди молодёжи, которая составляет большинство молящихся.
Из христианских конфессий на территории Узбекистана официально действуют:
Существуют оценки, согласно которым в Узбекистане насчитывается до 10 тысяч бухарских евреев и евреев-ашкеназов. Евреи сконцентрированы в городах Ташкент, Бухара и Самарканд. Свыше 80 тысяч евреев за последние 20 лет эмигрировало в Израиль и США, что было обусловлено в первую очередь экономическими мотивами.
Конституция Республики Узбекистан декларирует свободу совести для всех. По Конституции каждый имеет право исповедовать любую религию или не исповедовать никакой. Также недопустимо принудительное насаждение религиозных взглядов.